موقع ارتباط

موقع الارتباط في الكيمياء الحيوية هو منطقة محددة في بروتين أو قطعة دنا أو رنا يمكن أن تُشكل فيها الربائط (جزيئات معينة أو أيونات) رابطة كيميائية، يوجد توازن كيميائي بين الربائط المرتبطة وغير المرتبطة.

إنزيم التقييد EcoRV في مركب مع ركيزة الدنا خاصته.[1] وله القدرة على التعرف على موقع الارتباط 5′-GATATC-3′.

التشبع هو نسبة مواقع الارتباط المشغولة من المواقع الكلية خلال زمن معين، حين يمكن لأكثر من نوع واحد من الربائط الارتباط موقع ارتباط، يمكن لهذه الرابائط التنافس بينها.

تبدى مواقع الاتباط كيميائية خاصة كذلك: كقياس أنواع الربائط التي ستقوم بالارتباط وألفتها الكيميائية؛ التي هي عبارة عن قياس قوة الرابطة الكيميائية. مواقع الارتباط في الغالب مكونات مهمة في الخصائص الوظيفية للجزيئات الحيوية، على سبيل المثال: خصائص الموقع النشط لركيزةٍ بالنسبة لإنزيم أساسية لصياغة آلية التفاعل المسؤولة على التغير الكيميائي من الركيزة إلى الناتج.

يمكن لمواقع الارتباط في البروتينات في بعض الأحيان التعرف على بروتينات أخرى، حين يتعرف موقع ارتباط بروتين أول مع موقع ارتباط بروتين ثان تتشكل رابطة غير تساهمية بين سلسلتي عديدي البيبتيد (ببتيد) ويتشكل بروتين جديد مشترك.[2]

موقع ارتباط عامل النسخ الموجود بالدنا هو نوع من أنواع مواقع الارتباط أكثر خصوصية، تكرار ظهور أنماط قصيرة في الدنا يشير إلى مواقع ارتباط مخصصة بتسلسل معين لبروتينات مثل النوكليازات وعوامل النسخ، الارتباط بالريبوسوم، معالجة الرنا الرسول، وإنهاء عملية النسخ تتم كلها كذلك عن طريق هذه التسلسلات.[3] توقُعُ مواقع ارتباط البروتين (خاصة عوامل النسخ) في الدنا أصبح مؤخرا مجال بحث نشط وتم إنتاج عدة وسائل من أجل ذلك.[4] مع قدوم التعلم المتعمق تم ابتكار طرق جديدة وأكثر دقة [5]، تستفيد هذه الطرق في الغالب من حجم البيانات الكبير المتاح والذي تم تحصيله من تكنولوجيات متطورة عالية الإنتاج، مثل المصفوفات الميكروية التي يرتبط بها البروتين [6]، واستخدام وحدات التعلم المتعمق مثل الشبكات العصبونية الاتفافية (CNNs) والشبكات العصبونية المتكررة (RNNs).

توجد مواقع الارتباط في الأجسام المضادة كذلك كمناطق تشفير محددة ترتبط بمولدات الضد بناء على بنيتها [7]، اقتُرِحت العديد من وحدات وتطبيقات تعلم الآلة لتعريف وتحديد مواقع الارتباط [8] بما في ذلك تقنيات تتعلق بشبكات عصبونية الاتفافية ثلاثية الأبعاد.[9]

مراجع

Created from PDB 1RVA نسخة محفوظة 6 January 2008 على موقع واي باك مشين.
Alberts B, Bray D, Hopkin K, Johnson AD, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. (2010) Essential Cell Biology third edition.
D'haeseleer, Patrik. "What are DNA sequence motifs?". Nature Biotechnology. Nature. مؤرشف من الأصل في 12 يونيو 2017. اطلع عليه بتاريخ 29 أبريل 2017. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
Hassanzadeh, Hamid Reza, et al. "MotifMark: Finding regulatory motifs in DNA sequences." Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), 2017 39th Annual International Conference of the IEEE. IEEE, 2017.
Hassanzadeh, Hamid Reza, and May D. Wang. "DeeperBind: enhancing prediction of sequence specificities of DNA binding proteins." Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016 IEEE International Conference on. IEEE, 2016.
Newburger, Daniel E., and Martha L. Bulyk. "UniPROBE: an online database of protein binding microarray data on protein–DNA interactions." Nucleic acids research 37.suppl_1 (2008): D77-D82.
Binding Site - definition from Biology-Online.org نسخة محفوظة 26 فبراير 2017 على موقع واي باك مشين.
Grau J.; Ben-Gal I.; Posch S.; Grosse I. (2006). "VOMBAT: Prediction of Transcription Factor Binding Sites using Variable Order Bayesian Trees" (PDF). Nucleic Acids Research. 34 (W529–W533). doi:10.1093/nar/gkl212. مؤرشف من الأصل (PDF) في 30 سبتمبر 2018. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
Jiménez, J; Doerr, S; Martínez-Rosell, G; Rose, AS; De Fabritiis, G (2017). "DeepSite: Protein binding site predictor using 3D-convolutional neural networks". Bioinformatics. 33: 3036–3042. doi:10.1093/bioinformatics/btx350. PMID 28575181. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)

بوابة الكيمياء
بوابة علوم
بوابة كيمياء فيزيائية
بوابة الفيزياء

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Created from PDB 1RVA نسخة محفوظة 6 January 2008 على موقع واي باك مشين.

[2] Alberts B, Bray D, Hopkin K, Johnson AD, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. (2010) Essential Cell Biology third edition.

[3] D'haeseleer, Patrik. "What are DNA sequence motifs?". Nature Biotechnology. Nature. مؤرشف من الأصل في 12 يونيو 2017. اطلع عليه بتاريخ 29 أبريل 2017. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)

[motifmark-4] Hassanzadeh, Hamid Reza, et al. "MotifMark: Finding regulatory motifs in DNA sequences." Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), 2017 39th Annual International Conference of the IEEE. IEEE, 2017.

[deeperbind-5] Hassanzadeh, Hamid Reza, and May D. Wang. "DeeperBind: enhancing prediction of sequence specificities of DNA binding proteins." Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016 IEEE International Conference on. IEEE, 2016.

[pbm-6] Newburger, Daniel E., and Martha L. Bulyk. "UniPROBE: an online database of protein binding microarray data on protein–DNA interactions." Nucleic acids research 37.suppl_1 (2008): D77-D82.

[7] Binding Site - definition from Biology-Online.org نسخة محفوظة 26 فبراير 2017 على موقع واي باك مشين.

[8] Grau J.; Ben-Gal I.; Posch S.; Grosse I. (2006). "VOMBAT: Prediction of Transcription Factor Binding Sites using Variable Order Bayesian Trees" (PDF). Nucleic Acids Research. 34 (W529–W533). doi:10.1093/nar/gkl212. مؤرشف من الأصل (PDF) في 30 سبتمبر 2018. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)

[9] Jiménez, J; Doerr, S; Martínez-Rosell, G; Rose, AS; De Fabritiis, G (2017). "DeepSite: Protein binding site predictor using 3D-convolutional neural networks". Bioinformatics. 33: 3036–3042. doi:10.1093/bioinformatics/btx350. PMID 28575181. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)