وكالة المخابرات المركزية (المحقق كونان)

على الرغم من كون يعملان من أجل هدف واحد، فإن كل مكتب التحقيقات الفدرالي ووكالة الاستخبارات المركزية لديها مهمات سرية منفصلة تتعلق بالمنظمة السوداء. عدم وجود اتصال بين المؤسستين تسبب في كارثة المؤسفة عندما أراد مكتب التحقيقات الفدرالي الإيقاع بعضوة المنظمة السوداء بلموت، لكن حدث ما لم يكن في الحسبان عندما تسببوا بإصابة هيديمي هوندو عميلة وكالة المخابرات المركزية التي تتجسس على المنظمة السوداء والتي تعرف باسم كير.

في بادئ الأمر اعتقد مكتب التحقيقات الفدرالي أنه تمكن من القبض على عضو من أعضاء المنظمة، لكن بعد عليات تحري وبحث مكثف من قبل كونان إيدوغاوا و عضو مكتب التحقيقات الفدرالي أكاي شويتشي، عُرفت حقيقة كير، وأنها ما هي إلا عميلة مندسة من قبل وكالة المخابرات المركزية. نجحت هيديمي هوندو من الرجوع للمنظمة السوداء، بعدما توصل الطرفان باتفاق يقضي بحماية هوندو ايسوكي أخو هيديمي هوندو من خطر المنظمة بوضعه تحت برنامج حماية الشهود، في المقابل تقوم هيديمي هوندو بتزويد مكتب التحقيقات الفدرالي بالمعلومات عن المنظمة وتحركاتها. ونجحت الخطة نجاهاً كبيراً، لكن ثقة المنظمة قد اهتزت جرآء الحادثة. لذلك ومن أجل استعادة هيديمي هوندو لثقة المنظمة، طلب جين من كير (هيديمي هوندو) بالاتصال بعميل مكتب التحقيقات الفدرالي أكاي شويتشي، واقناعه انها تريد الهروب من المنظمة، وتقوم بقتله عندما تلتقي به.

لكن بفعل الخطة التي وضعها كونان إيدوغاوا و اختراعات الدكتور هيروشي أغاسا، اتقن أكاي شويتشي دوره ببراعه وأوهم المنظمة بموته برصاصة أُطلقت على الرأس من قبل هيديمي هوندو، وبعدها تنكر أكاي شويتشي بشخصية سوبارو أوكيا ليواصل هدفه نحو القضاء على المنظمة السوداء.

لم يتم ذكر السبب محاولة وكالة المخابرات المركزية التسلل إلى قلب المنطمة من خلال الزج بالعميلة متخفية هيديمي هوندو كعضو في المنظمة تحت اسم كير، ومساعدة إيثان هوندو لها بالتسلل. ولم تشك المنظمة في أنها مراقبة من قبل وكالة المخابرات المركزية، حيث لم تظهر أي دلالة تدل على اشتباههم على وكالة المخابرات المركزية. لكن في حلقة، اشتهبت بلموت بهيديمي هوندو بعدما قالت: إنجازاتنا الناجحة يجب أن لا ترى ضوء النهار، لكن فشلنا سوف يظهر أمام العالم، وهي مقولة شائعة بين أفراد وكالة المخابرات المركزية، فردت عليها بلموت قائلة: مهلاً يا كير، أنت متأكدة أنك ... (قامت بلوت بالقرع مرتين للدلاله على كلمة NOC) لست هكذا؟. فكلمة نوك (بالإنجليزية: NOC)‏ في عالم تجسس هي اختصاراً لكملة المتخفي الغير الرسمي (بالإنجليزية: Non-official cover)‏ للدلالة على العميل المتخفي. وردت عليها كير قائلة: هراء ... هذا مستحيل طبعاً. ومن الجدير بالذكر أن هذا المصطلح لا يقتصر على وكالة المخابرات المركزية فقط، بل تستخدمه العديد من وكالات الاستخبارات.

لا تزال السلطات اليابانية على غير دراية بمهمة وكالة المخابرات المركزية. وفي حلقة من الحلقات كانت هيديمي هوندو (العميلة المتخفية على المنظمة السوداء تحت اسم كير، وتعمل كمذيعة تحت اسم ميزوناشي رينا من أجل التغطية على انتمائها للمنظمة) على مقربة من قتل أحد المرشحين للانتخابات اليابانية من أجل كسب ثقة منظمة، وهي جريمة لم تكلل بالنجاح بسبب تدخل كونان إدوغاوا، و لو نجحت فإنها تصنف من ضمن الأعمال الغير القانونية، والتي تستحق عقوبة شديدة بموجب القانون الياباني.

يبدو أن وكالة المخابرات المركزية ليست على دراية بمهمة الشرطة السرية ضد المنظمة السوداء.