بنك الجينات

قاعدة تسلسل البيانات بنك الجينات عبارة عن مجموعة مفتوحة الوصول لجميع تسلسلات النيوكليوتيد المتاحة للجمهور وترجمات البروتين . يتم إنتاج قاعدة البيانات هذه وصيانتها من قِبل المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) ، وهو جزء من المعاهد الوطنية للصحة في الولايات المتحدة ) كجزء من التعاون الدولي لقواعد بيانات تسلسل النوكليوتيدات (INSDC).

بنك الجينات
المحتويات
الوصفتسلسل النوكليوتيدات لأكثر من 300000 كائن حي مع دعم الشرح الببليوغرافي والبيولوجي.
نوع البياناتقالب:تسلسل النيوكليوتيدات
الكائناتالكل
العناوين
مركز الأبحاثNCBI
الاستشهاد الأولى21071399
تاريخ الإطلاققالب:تاريخ البدء والعمر
الوصول
صيغة الملف
الموقعNCBI
رابط التحميلncbi ftp
خدمة ويب URL
الأدوات
ويببلاست
برمجيةBLAST
متنوعات
الرخصةUnclear[1]

يتلقى بنك الجينات والمتعاونون معه تسلسل منتج في المختبرات في جميع أنحاء العالم من أكثر من 100000 كائن مختلف. بدأت قاعدة البيانات في عام 1982 من قبل والتر جواد ومختبر لوس ألاموس الوطني . أصبح بنك الجينات قاعدة بيانات مهمة للبحوث في المجالات البيولوجية والتي نمت في السنوات الأخيرة بمعدل كبير من خلال مضاعفته كل 18 شهرًا تقريبًا. [2] [3]

يحتوي الإصدار 194 ، الذي أنتج في شباط 2013 أكثر من 150 مليار من قواعد النيوكليوتيد بأكثر من 162 مليون تسلسل. [4] تم بناء بنك الجينات من خلال التقديمات المباشرة من المختبرات الفردية، وكذلك من التقديمات الضخمة من مراكز التسلسل واسعة النطاق.

المقدمة

يمكن تقديم التسلسلات الأصلية فقط إلى بنك الجينات. يتم إرسال التقديمات المباشرة إلى بنك الجينات باستخدام BankIt ، وهو نموذج قائم على الانترنت، أو برنامج التقديم القائم بذاته، Sequin . عند استلام التقديم التسلسلي، يقوم موظفو بنك الجينات بفحص أصالة البيانات ويعيين رقم وصول إلى التسلسل وإجراء اختبارات لضمان الجودة. ثم يتم تحرير التقديمات إلى قاعدة البيانات العامة، حيث يمكن استرجاع المدخلات بواسطة Entrez أو يمكن تنزيلها بواسطة FTP . يتم تقديم الجزء الأكبر لعلامة التسلسل المعبر عنها (EST)، موقع تسلسل الملحقات (STS)، تسلسل مسح الجينوم (GSS)، و تسلسل الإنتاجية العالية للجينوم (HTGS) وغالبا ما قدمت بيانات من خلال مراكز التسلسل على نطاق واسع. تقوم مجموعة التقديمات المباشرة من بنك الجينات ايضا بمعالجة تسلسل الجينوم الكامل للميكروبات.

التاريخ

أنشأ والتر جواد من مجموعة البيولوجيا النظرية والفيزياء الحيوية في مختبر لوس ألاموس الوطني وآخرين قاعدة بيانات التسلسل لوس ألاموس(LANL) في عام 1979 ، والتي بلغت ذروتها في عام 1982 مع إنشاء بنك الجينات العام. [5] تم تقديم التمويل من قبل المعاهد الوطنية للصحة ، والمؤسسة الوطنية للعلوم، ووزارة الطاقة، ووزارة الدفاع. تعاونت LANL على بنك الجينات مع شركة Bolt و Beranek و Newman ، ذلك وبحلول نهاية عام 1983 تم تخزين أكثر من 2000 تسلسل فيه.

في منتصف الثمانينيات من القرن الماضي، أدارت شركة Intelligenetics للمعلوماتية الحيوية بجامعة ستانفورد مشروع بنك الجينات بالتعاون مع LANL. [6] كأحد أقدم مشاريع مجتمع المعلوماتية الحيوية على الإنترنت، بدأ مشروع بنك الجينات مجموعات BIOSCI / Bionet الإخبارية لتشجيع الاتصالات المفتوحة الوصول بين علماء الأحياء. خلال الفترة من 1989 إلى 1992 ، انتقل مشروع بنك الجينات إلى المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية الذي تم إنشاؤه حديثًا. [7]

بنك الجينات وEMBL: تسلسل النيوكليوتيدات 1986/1987 المجلدات الأول إلى السابع.


قرص مدمج من بنك الجينات V100

التطور
النمو في أزواج بنك الجينات الأساسية ، من 1982 إلى 2018 ، على مقياس شبه السجل

تشير ملاحظات بنك الجينات للإصدار 162.0 (أكتوبر 2007) إلى أنه "من 1982 إلى الوقت الحاضر، تتضاعف عدد القواعد في بنك الجينات كل 18 شهرًا تقريبًا". [4] [8] اعتبارا من 15 يونيو 2019 (2019-06-15) ، يحتوي بنك الجينات الإصدار 232.0 على 213,383,758 loci ، 329,835,282,7070 من القواعد، من 213,383,758 تسلسل تم الإبلاغ عنه. [4]

تتضمن قاعدة بيانات بنك الجينات مجموعات بيانات إضافية يتم إنشاؤها آليًا من مجموعة بيانات التسلسل الرئيسية، وبالتالي يتم استبعادها من هذا العدد.

أهم الكائنات الحية في بنك الجينات (الإصدار 191) [9]
كائن حي قاعده ازواج
الانسان العاقل 16٬310٬774٬187
عضلات الفـأر 9٬974٬977٬889
الجرذ النرويجي 6٬521٬253٬272
الثور 5٬386٬258٬455
زيا ميس 5٬062٬731٬057
سوس scrofa 4٬887٬861٬860
دانيو ريريو 3٬120٬857٬462
Strongylocentrotus purpuratus 1٬435٬236٬534
ماكاكا مولاتا 1٬256٬203٬101
Oryza sativa Japonica Group 1٬255٬686٬573
نيكوتيانا تاباكوم 1٬197٬357٬811
Xenopus (Silurana) الاستوائية 1٬249٬938٬611
ذبابة الفاكهة سوداء البطن 1٬119٬965٬220
سكنة الكهوف القومية 1٬008٬323٬292
نبات الأرابيدوبسيس thaliana 1٬144٬226٬616
احد افراد اسرة الكلب، ذئب 951٬238٬343
كرمة العنب الاوروبي 999٬010٬073
جالوس جالوس 899٬631٬338
جليكاين ماكس 906٬638٬854
قمح 898٬689٬329

تعريفات غير كاملة

تفتقر قواعد البيانات العامة التي يمكن البحث فيها باستخدام أداة البحث عن الموائمة المحلية الأساسية للمركز الوطني للمعلومات المتعلقة بالتكنولوجيا الحيوية (NCBI BLAST) ، إلى استعراض التسلسل من قِبل النظراء لسلالات الأنواع وتسلسل السلالات غير النوعية. من ناحية أخرى، في حين أن قواعد البيانات التجارية يحتمل أن تحتوي على بيانات مصفاة متسلسلة عالية الجودة، إلا أن هناك عددًا محدودًا من المتسلسلات كمرجع.

قامت ورقة صدرت في مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية [10] بتقييم نتائج تسلسل الجينات لـ 16S rRNA التي تم تحليلها مع بنك الجينات بالاقتران مع قواعد البيانات العامة الأخرى المتاحة مجانًا والتي تتحكم في الجودة على شبكة الانترنت، مثل EzTaxon -e ( http: // eztaxon-e.ezbiocloud.net/ ) وقواعد بيانات BIBI ( http://pbil.univ-lyon1.fr/bibi/ ). أظهرت النتائج أن التحليلات التي أجريت باستخدام بنك الجينات مع EzTaxon -e (kappa = 0.79) كانت أكثر تمييزًا من استخدام بنك الجينات (kappa = 0.66) أو قواعد البيانات الأخرى وحدها.

انظر أيضا
  • Ensembl
  • قاعدة بيانات البروتين البشري (HPRD)
  • تحليل التسلسل
  • يونيبروت
  • قائمة الجينوم حقيقية النواة المتسلسلة
  • قائمة الجينومات الأثرية المتسلسلة
  • RefSeq — قاعدة بيانات التسلسل المرجعي
  • Geneious — يتضمن أداة تقديم GenBank
  • فتح البيانات العلمية

المراجع
  1. The download page at UCSC says "NCBI places no restrictions on the use or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution of the information contained in GenBank." نسخة محفوظة 10 أبريل 2019 على موقع واي باك مشين.
  2. Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research. 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMID 18073190. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  3. Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMID 18940867. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  4. "GenBank release notes". NCBI. مؤرشف من الأصل في 1 أبريل 2018. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  5. Hanson, Todd (2000-11-21). "Walter Goad, GenBank founder, dies". Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. مؤرشف من الأصل في 7 نوفمبر 2008. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  6. LANL GenBank History نسخة محفوظة 3 مارس 2016 على موقع واي باك مشين.
  7. Benton D (1990). "Recent changes in the GenBank On-line Service". Nucleic Acids Research. 18 (6): 1517–1520. doi:10.1093/nar/18.6.1517. PMID 2326192. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  8. Benson, D. A.; Cavanaugh, M.; Clark, K.; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W. (2012). "GenBank". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D36–D42. doi:10.1093/nar/gks1195. PMID 23193287. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  9. "GenBank". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D32–37. January 2011. doi:10.1093/nar/gkq1079. PMID 21071399. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)
  10. Kyung Sun Parka, Chang-Seok Kia, Cheol-In Kangb, Yae-Jean Kimc, Doo Ryeon Chungb, Kyong Ran Peckb, Jae-Hoon Songb and Nam Yong Lee (May 2012). "Evaluation of the GenBank, EzTaxon, and BIBI Services for Molecular Identification of Clinical Blood Culture Isolates That Were Unidentifiable or Misidentified by Conventional Methods". J. Clin. Microbiol. 50 (5): 1792–1795. doi:10.1128/JCM.00081-12. PMID 22403421. الوسيط |CitationClass= تم تجاهله (مساعدة)صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)

    *قالب:NCBI-handbook

    روابط خارجية
    • بوابة علم الأحياء
    This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.