ديناميكا جزيئية
الديناميكا الجزيئية أو Molecular dynamics هي علم قائم على محاكاة حاسوبية للجزيئات والمركبات معتمدة على قوانين نيوتن للحركة في توقع حركة الجزيئات و سرعة تحركها و اماكن وجودها بعد فترات زمنية قصيره جدا وهو عمل يتطلب حلول لمعادلات نيوتن لاعداد هائلة من الجزيئات و لفترات زمنية قصيره جدا ولضمان حساب هذه التوقعات بشكل صحيح أو اقرب للصحة يجب اخذ عدة امور عند حساب قوانين نيوتن مثل قوى التجاذب بين الجزيئات و اهتزاز روابط الجزي و انثناء الرووابط حول محورها و تذبذب الزاوية بين ذرات الجزي و ايضا تذبذب الزوايا بين مستويات الجزئ أو ما يعرف بالزاوية الزوجية و امور اخرى كثيرة
ولاننا في هذه العملية نقوب بحساب قوانين نيوتن و قوانين اخرى تتعلق بالمحاكاة لاعداد كبيرة جده من الجزيئات هذا يجعل العملية معقدة جدا و شبه مستحيلة لذلك يتم الاستعانة ببعض الفرضيات و طرق احصائية لتساعدنا في جعل هذه الحسابات ممكنة من الناحية العملية.[1][2][3]
نظرة تاريخية
في العام 1957 قام العالم الدر alder باستخدام جهاز حاسوب من نوع IBM 704 لعمل محاكاة لتصادم مرن بين مجموعة من الكرات. و في العام 1964 قام العالم رحمن rahman بعمل محاكاة حاسوبية لذرات الارغون المسال مستخدما معادلة لينارد جونس لحساب الطاقة lennard-jones potential
مراجع
- "معلومات عن ديناميكا جزيئية على موقع universalis.fr". universalis.fr. مؤرشف من الأصل في 25 يوليو 2019. الوسيط
|CitationClass=
تم تجاهله (مساعدة) - "معلومات عن ديناميكا جزيئية على موقع britannica.com". britannica.com. مؤرشف من الأصل في 6 أغسطس 2016. الوسيط
|CitationClass=
تم تجاهله (مساعدة) - "معلومات عن ديناميكا جزيئية على موقع dx.doi.org". dx.doi.org. مؤرشف من الأصل في 2 يونيو 2018. الوسيط
|CitationClass=
تم تجاهله (مساعدة)
روابط خارجية
- The GPUGRID.net Project (GPUGRID.net)
- The Blue Gene Project (آي بي إم)JawBreakers.org
- Materials modelling and computer simulation codes
- A few tips on molecular dynamics
- Movie of MD simulation of water (Youtube)
- Live molecular dynamics simulation rendered at 1 frame per second
- Dynamics based pharmacophore models for screening potential inhibitors of mycobacterial cyclopropane synthase Chinmayee Choudhury et al. J Chem Inf Model. 2015
- Molecular dynamics study of peptide segments of the BH3 domain of the proapoptotic proteins Bak, Bax, Bid and Hrk bound to the Bcl-xL and Bcl-2
- Combining molecular dynamics simulation and ligand-receptor contacts analysis as a new approach for pharmacophore modeling: beta-secretase 1 and check point kinase 1 as case studies Ma'mon M Hatmal et al. J Comput Aided Mol Des. 2016 Dec
- بوابة كيمياء فيزيائية
- بوابة الفيزياء
- بوابة الكيمياء