تي-كوفي

تي-كوفي T-coffee (بالإنجليزية: Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation)‏ هو مجموعة من الأدوات للحوسبة تتيح مقارنة عدة سلاسل بيولوجية؛ مثل: (بروتينات,DNA,RNA). يتم استخدامه لتحديد الاماكن المهمة في السلسلة ومناطق المحاذاة، ولإيجاد الاحماض الامينية التي لا تسمح بحدوث الطفرات، لديه ميزات متقدمة لتقييم نوعية المقارنة و القدرة على تحديد حدوث (motifs(Mocca,و كل ذلك يتم بتحديد السلسلة اولا من برمجية FASTA و هي الأكثر استخداماً. وهناك خاصية هامة يوفرها وهي قدرته على الجمع بين أساليب مختلفة وأنواع البيانات المختلفة. له العديد من التطبيقات : Expresso and 3D-Coffee, R-Coffee , M-coffee, Pro-coffee و غيرها.

T-Coffee
معلومات عامة
نوع
نظام التشغيل
جنو/لينكس[1] — ماك أوس[2]
مواقع الويب
معلومات تقنية
المطورون
Cédric Notredame, Centro de Regulacio Genomica (CRG) - Barcelona
لغة البرمجة
التوثيق
إصدار تجريبي
11.00.d27cadf
الإصدار الأخير
المستودع
الرخصة

كيفية الاستخدام

نقوم بفتح البرنامج واختيار نوع التطبيق المطلوب وبعدها نقوم بوضع السلاسل البيولوجية التي نود مقارنتها.

كيفية معاينة النتيجة

النتيجة ستظهر السلاسل البيولوجية بألوان تحدد مناطق المحاذاة، شدة التطابق بينها يتم معيانتها حسب الالوان

BAD : بنفسجي-اخضر

AVG : اصفر

GOOD : احمر

المرجع
  1. وصلة مرجع: http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/. الوصول: 17 نوفمبر 2017.
  2. وصلة مرجع: http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/. الوصول: 17 نوفمبر 2017.
  3. وصلة مرجع: https://github.com/cbcrg/tcoffee. الوصول: 18 سبتمبر 2019.
  4. وصلة مرجع: http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/. الوصول: 17 نوفمبر 2017.
    • بوابة برمجيات

    http://www.tcoffee.org/

    This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.