تنسيق السمات العامة

إن تنسيق السمات العامة (شكل اكتشاف الجينات ، نسق المعالم العامة ، GFF) هو تنسيق ملف يستخدم لوصف الجينات والميزات الأخرى لتسلسلات الدنا والرنا والبروتين. ملحق اسم الملف المقترن بمثل هذه الملفات هو .GFF ونوع المحتوى المرتبط بهما هو text / gff3

يفتقر محتوى هذه المقالة إلى الاستشهاد بمصادر. فضلاً، ساهم في تطوير هذه المقالة من خلال إضافة مصادر موثوقة. أي معلومات غير موثقة يمكن التشكيك بها وإزالتها. (مارس 2019)

هذه مقالة غير مراجعة. ينبغي أن يزال هذا القالب بعد أن يراجعها محرر مغاير للذي أنشأها؛ إذا لزم الأمر فيجب أن توسم المقالة بقوالب الصيانة المناسبة. يمكن أيضاً تقديم طلب لمراجعة المقالة في الصفحة المُخصصة لذلك. (ديسمبر 2018)

هذه المقالة يتيمة إذ لا تصل إليها مقالة أخرى. ساعد بإضافة وصلة إليها في مقالة متعلقة بها. (ديسمبر 2018)

هناك إصداران لتنسيق ملف GFF في الاستخدام العام:

• تنسيق عام Feature Format الإصدار 2.2 بشكل خاص في متغير GTF الخاص به
• الإصدار العام لتنسيق الميزات الإصدار 3 (مشروع تواجد الوجود المتسلسل)

اصدارات GFF :

ان GFF الإصدار 2 (إلى جانب متغير GTF الأكثر شيوعًا) عددًا من القصور ، ولا سيما أنه لا يمكن إلا أن تمثل التسلسلات الهرمية ميزة من مستويين و وبالتالي لا يمكن التعامل مع التسلسل الهرمي من ثلاثة مستويات من الجين → نسخة → exon. يعالج GFF3 هذا وأوجه القصور الأخرى. على سبيل المثال ، يدعم العديد من المستويات الهرمية تعسفيًا ، ويعطي معان محددة لعلامات معينة في حقل السمات.

الهيكل العام GFF

جميع تنسيقات GFF (GFF2 و GFF3 و GTF) هي ملفات مجدولة مع 9 حقول في كل سطر ، مفصولة بعلامات تبويب. جميعهم يشاركون نفس البنية للحقول السبعة الأولى ، بينما يختلفون في محتوى وشكل الحقل التاسع.